自二次大戰以來，由於石化能源、機械、化學肥料、植物及動物的保護藥物或生長素、育種及遺傳工程等的使用及演進，使得農業生產方式趨向工業化及密集化，產量的確顯著地增加，解決了因人口增加而產生的糧食不足，成就了所謂的綠色革命。然而，卻也同時產生了下列問題：

環境之污染及破壞：
農藥及肥料之硝酸鹽殘留，以及工業化大量畜養牲畜產生的動物糞尿污染了水及土壤，農藥又會污染空氣，密集的耕種方式亦使表土流失。

生態破壞：
單一農產品之密集生產方式及以人類需求為導向的育種與生物遺傳工程，使地球上的物種減少。農田的開發使當地生物之生長環境破壞，生物無法繼續生存。農田中小動物、昆蟲、鳥類等受農藥及肥料之侵害而死亡。昆蟲、細菌及真菌等也因病蟲害防治藥物的過度及長期使用，而產生抗藥性 (assistance)，對農業生產威脅更大。

食物污染：
農藥、肥料、動物用藥及動植物荷爾蒙等之殘留危害了食品安全及人體健康。

開發中國家農產品生產過剩，造成政府在產品價格或農民所得補貼上的財政負擔。

已開發國家因致力於生產可供外銷之農產品以賺取外匯，又遭受已開發國家之糧食傾銷 (dumping)，使得其糧食生產減少而糧食供應不足。

因大量使用機械，使得農村人口外移，破壞了鄉村的社會結構，造成了就業市場的壓力，同時也產生了社會問題